Het WODC verricht op het gebied van het gevangeniswezen veel onderzoek. Zo wordt samen met het ministerie van JenV gezocht naar een verklaring voor de stijging in de bezetting binnen gevangenissen. Ook wordt onderzocht hoe er tot effectievere gevangenisstraffen gekomen kan worden en zet het WODC een monitoringstraject op bij de inrichting van een nieuw stelsel van jeugddetentie.